Die Filialkirche in Weichselboden ist die älteste Kirche in der Pfarre Gußwerk. Ihr Bau wurde 1773 für die dort angesiedelten Holzfäller und Köhler von der Innerberger Hauptgewerkschaft in die Wege geleitet und auch finanziert.
Die Grundsteinlegung erfolgte am 30. Juni 1773, die Gründung der Pfarre Weichselboden noch vor Fertigstellung des Gotteshauses, am 16. August 1774 in der Basilika Mariazell.
Am 21. September 1777 wurde die Kirche dem Hl. Johannes dem Täufer geweiht. Das Haupt-
altarbild des Barockmalers Martin Johann Schmidt zeigt die Predigt des Hl. Johannes in der Wüste.
Besonders in den Jahren von 1845 bis 1860 konnten Dank namhafter Spender viele Kirchengeräte angeschafft werden wie etwa Fahnen, Teppiche, Leuchter und Gewänder. Großzügige Wohltäter waren u.a. Erzherzog Johann und Gemahlin Anna Plochl.
Bis zum Jahr 2000 war Weichselboden eine selbständige Pfarre.